A economia política como disciplina acadêmica teve particular desenvolvimento nos séculos XVIII e XIX com a fisiocracia francesa e a economia clássica inglesa (Adam Smith, David Ricardo, entre outros). Porém, seus antecedentes podem ser encontrados em textos de Aristóteles e de São Tomás de Aquino, e neles a economia era vista como parte da filosofia. O setor de economia política e relações de produção do PPGHIS, entre suas preocupações, procura recuperar essa tradição ao entender a íntima interseção da história econômica com a antropologia, política, sociologia e demais segmentos das Ciências Humanas. Parte-se do pressuposto de que a economia, em especial o processo produtivo, deve ser compreendida a partir de sociedades historicamente definidas, nas quais se expressa como base material. Dessa forma, os agentes das relações sociais de produção são vistos também como sujeitos imersos em relações de parentesco, políticas, dotados de visões de mundo, e, enfim, de sonhos e perspectivas. Isso implica também atentar para as interações entre a economia e outros setores da sociedade, a exemplo do Estado. Ao lado de tais pressupostos teóricos, as investigações do setor também estão preocupadas com a produção de métodos, técnicas e, especialmente, com a problematização de fontes primárias que tornam factíveis seus pressupostos.  Por fim, o setor almeja contribuir com a reflexão e a teorização de sistemas econômicos.

Os temas de pesquisa do setor dão ênfase aos poderes (a Igreja, os reinos, etc.) e aos diversos agentes e grupos, que compõem as sociedades analisadas. A maioria dos pesquisadores dedica-se à história do mundo ibero-americano, que compreende as sociedades coloniais e sua diversidade étnica e cultural advinda da interação com indígenas e afrodescendentes. Os estudos concentram-se em campos que cruzam História Religiosa em múltiplas dimensões, dentre as quais abarcam aspectos da História Social e Política da Religião, História das práticas e crenças religiosas, assim como da História Social da Igreja, sempre que possível em diálogo com as demais Ciências Sociais como a Sociologia, a Ciência Política e a Antropologia. De forma mais específica, as pesquisas voltam-se para as relações estabelecidas entre instituições religiosas e os poderes locais (irmandades leigas, ordens e missões religiosas, rituais e festas), reconhecendo as descontinuidades impostas à noção de religião na Época Moderna, e os desafios trazidos pelas Reforma Protestante e Católica, tanto no campo institucional como na vivência das religiosidades, das crenças, práticas e dos agentes históricos envolvidos.

Este setor temático reúne pesquisas voltadas às relações da história com, de um lado, a natureza, entendida como o conjunto dos objetos, elementos e processos não criados ou não totalmente controlados pelos humanos, e de outro, com a territorialidade, entendida como a espacialização da sociabilidade humana. Nossa visão parte de uma leitura menos dualista da natureza e da história humana, observando essas realidades nos seus entrelaçamentos dinâmicos e inseparáveis. Entrelaçamentos que, além disso, quase sempre acontecem em contextos territoriais específicos.  Assim, não vemos os territórios como espaços vazios, no modelo dos mapas políticos, mas sim como espaços cheios e ativos, incluindo todos os seres, elementos e processos físicos e biofísicos que neles estejam presentes. Os movimentos humanos sempre se entrelaçam com os movimentos da natureza, seja em seus aspectos ecológicos, sociais, econômicos e/ou culturais. Focalizadas nas mais variadas escalas temporais e espaciais – desde um bairro urbano até o Estado-Nação e mesmo o planeta inteiro, e desde a vida cotidiana até vastas eras geológicas – pesquisamos essas relações tanto por meio de fontes e metodologias tradicionais do fazer historiográfico quanto por meio de trabalhos de campo e do diálogo com outras disciplinas.